反滲透設備試機完後，采用過兩種方法保護膜。設備試機運行兩天(15～24h)，然後采用2%的甲醛溶液保養；或運行2～6h後用1%的NaHSO3的水溶液進行保養(應排盡設備管路中的空氣，保證設備不漏，關閉所有的進出口閥)。兩種方法均可得到滿意的效果。
反滲透設備中有殘餘氣體在高壓下運行，形成氣錘會損壞膜常有兩種情況發生：設備排空後，重新運行時，氣體沒有排盡就快速升壓運行。應在2～4bar的壓力下將餘下的空氣排盡後，再逐步升壓運行。在預處理設備與高壓泵之間的接頭密封不好或漏水時(尤其是微濾器及其後的管路漏水)當反滲透預處理供水不很足時，微濾發生堵塞，在密封不好的地方由於真空會吸進部分空氣。應清洗或更換微濾器，保證管路不漏。應在流量計中沒有氣泡的情況下逐步升壓運行，運行中發現氣泡應逐漸降壓檢查原因。
由於膜濃水側的無機鹽的濃度高於原水，易結垢而汙染膜。用投加化學試劑的預處理水衝洗。因含化學試劑的水在設備停運期間可能引起膜汙染。反滲透設備在準備關機時，應停止投加化學試劑，逐步降壓至3bar左右用預處理好的水衝洗10min，直至濃縮水的TDS與原水的TDS很接近為止。
複合聚酰胺膜使用中普遍存在的問題，因為聚酰胺膜耐餘氯性差，在使用中沒有正確投加氯等消毒劑，加上用戶對微生物的預防重視不夠，容易導致微生物的汙染。目前許多水處理設備廠家生產的純水微生物超標，就是消毒、保養不力造成的。反滲透設備沒有采用消毒液保養；設備安裝好後沒有對整個管路和預處理設備消毒；間斷運行不采取消毒和保養措施；沒有定期對預處理設備和反滲透設備消毒；保養液失效或濃度不夠。
反滲透設備在使用過程中，除了性能的正常衰減外，由於汙染而引起設備性能的衰減更為嚴重。通常的汙染主要有化學垢，有機物及膠體汙染，微生物汙染等。不同的汙染表現出的症狀是不同的。
1、膠體汙染：發生膠體汙染時，通常伴隨著以下兩個特性：前處理中微濾器堵塞得很快，尤其是壓差增大很快，B、SDI值通常在2.5以上。
2、微生物汙染：發生微生物汙染時，反滲透設備的透過水和濃縮水中的細菌總數都比較高，平時一定沒有按要求進行保養和消毒。
3、鈣垢：可依據原水水質及設計參數進行判斷。
